Микоризы и бактерии имеют важное значение в питании растений. Микориза — это сожительство корней высших (хлорофилльных) растений с почвенными грибами (бесхлорофилльными). Грибы, поселяясь то на внешней поверхности корневых окончаний (экотрофная микориза), то проникая внутрь коры (эндотрофная микориза), получают из клеток растения безазотистые вещества, необходимые им для построения своего тела. А корень получает из гриба азотистые соединения, которые являются источником питания растений. Этот тип питания называют микотрофным, к нему относятся такие породы, как бук, дуб, ясень, граб, сосна.

Под влиянием микроорганизмов (бактерий, грибов, простейших) происходит процесс минерализации органического опада до образования минеральных солей, а также происходит восстановление солей азотной кислоты до образования свободного азота. Это явление называется денитрификацией.

Растения потребляют зольные элементы и азот из органических веществ почвы. Глинистые почвы в присутствии органического вещества становятся более рыхлыми. При свободном доступе воздуха под влиянием аэробных бактерий органическое вещество разлагается и происходит быстрый и полный распад органических остатков. Так образуются мулевые почвы. При плохом доступе воздуха разложение органического вещества происходит под влиянием анаэробных бактерий и грибов. Так образуются грубогумусовые почвы.